Биологи решили не отставать от математиков

в продолжение Начинают математики — роль информационных технологий в научных коммуникациях и Должны ли все научные работы быть в открытом доступе?

Несколько известных биологов нарушили табу и опубликовали научные работы прямо в интернете

29 февраля Кэрол Грейдер из университета Джонса Хопкинса стала третьим за месяц нобелевским лауреатом по биологии, сделавшим то, что долгое время считалось табу в сфере биомедицины. Она выложила отчёт о последнем открытии на публично доступном сайте bioRxiv до того, как отправить его в научный журнал для рецензирования и «официальной» публикации.

Этот небольшой акт неповиновения в информационную эпоху напоминает самиздатовскую электронную книгу Стива Кинга в 2000 году или цифровой альбом Radiohead, выложенный в интернет без участия какого-либо лейбла. Чтобы отметить своё действие, Кэрол Грейдер затвитила подтверждение о публикации bioRxiv под хэштегом #ASAPbio — недавно придуманный клич биологов, призывающих ускорить научные исследования с помощью ключевого изменения способа публикации.

Такие публикации называются «препринты», чтобы подчеркнуть ранний этап публикации. Сайт bioRxiv открылся три года назад, а в прошлом году на нём размещено 2048 публикаций — едва заметная часть из примерно миллиона научных работ, которые ежегодно публикуются в биомедицинских журналах.

Но после того как месяц назад несколько десятков биологов объявили о кампании ASAPbio в поддержку препринтов, посещаемость сайта немного выросла. В твиттере повстанцы препринт-публикации поздравляют друг друга с новыми статьями и борются за революционное доверие.

На протяжении большей части истории организованных научных исследований из-за технологических ограничений печатные журналы оставались главным средством распространения научных результатов. Но некоторые сторонники движения #ASAPbio считают, что после распространения интернета такой способ публикации означает, что биологи отреклись от своего долга перед общественностью — которая оплачивает большую часть академических исследований — не выкладывая результаты своей работы настолько быстро и открыто, как только возможно. Об этом говорил на конференции ASAPbio ещё один нобелевский лауреат Гарольд Вармус, бывший директор Национального института здоровья.

Varmus:…we also must fulfill our contract to the public who supports our ability to do research #ASAPbio

— Kenneth Gibbs (@KennyGibbsPhD) 17 февраля 2016 г.

В отличие от физиков, у которых препринты стали обычным методом публикации ещё в 90-е годы, исследователи в области биомедицины обычно ожидают более шести месяцев возможности распространить свою работу, после того как предоставят её — на эксклюзивных условиях — в самый престижный журнал, какой только может ей принять. Часто работу отклоняют, тогда авторы выбирают другой журнал. В результате, процесс публикации научной статьи иногда может занять несколько лет, а потом какое-то время эта статья доступна только для коллег в крупных исследовательских институтах, чьи библиотеки способны оплатить подписку на научную прессу. А поскольку наука во многом похожа на эстафету, где один учёный строит своё исследование на базе научной работы другого учёного, такие задержки коммуникации практически наверняка замедляют научный прогресс.

Учёные говорят, что они участвуют в этом процессе во многом из-за того, что тщательный отбор избранных статей в журналах вроде Science, Nature и Cell выполняет роль фильтра для самой качественной науки. Как дипломы некоторых университетов, опубликованная статья в элитном журнале является паспортом для получения работы, получения финансирования и повышения по службе.

Некоторые влиятельные журналы, в том числе Science и Nature, официально заявили о политике равного рассмотрения препринтов и статей, которые ещё нигде не публиковались. Но всё равно лишь немногие биологи соглашаются размещать препринты, потому что они опасаются уменьшить и без того призрачные шансы на публикацию. Некоторые журналы вообще запрещают препринты. Другие, как Cell, требуют от предполагаемых авторов спрашивать разрешения на препринт.

Энн Карпентер, вычислительный биолог из института Броада считает, что многие молодые учёные предпочитают публиковаться в авторитетных журналах, чтобы не рисковать.

@amy_harmon Not defending it, just explaining. Young scientists would rather have their paper in a high-profile journal.

— Anne Carpenter (@DrAnneCarpenter) 27 февраля 2016 г.

Кроме выгоды для карьеры, многие учёные говорят, что наука в целом выигрывает от рецензирования в академической прессе, когда редакторы журнала просят других учёных в данной области указать на очевидные ошибки и оценить важность работы перед публикацией. Другой нобелевский лауреат Рэнди Шекман, клеточный биолог из Калифорнийского университета в Беркли, отметил важность рецензирования, хотя он тоже поддержал размещение препринтов.

Но многих биологов начинает раздражать традиционная система академических журналов, в которой попытка опубликовать статью напоминает безнадёжную попытку жука передвигаться, лёжа на спине.

What it feels like trying to publish. #ASAPbio pic.twitter.com/bJCaFqrop7

— Jonathan A. Michaels (@JonAMichaels) 25 февраля 2016 г.

Отсрочки и задержки в академической прессе мешают учёным показать свои самые последние работы работодателю или грантодателю. Они также выглядят немного абсурдно на фоне скорости и открытости в давно наступившую цифровую эпоху. После быстрого распространения эпидемии вируса Зика, например, некоторые журналы подписали заявление с обещанием, что учёные не будут наказаны за немедленную публикацию своих исследований в открытом доступе, учитывая потенциальную пользу для здравоохранения. Но тогда возникает вопрос: а зачем ограничиваться только вирусом Зика?

#ASAPbio Open and rapid sharing is important for Zika virus. Also needed for:

— Lenny Teytelman (@lteytelman) 16 февраля 2016 г.

Как известно, аспирантка из Казахстана практически стала героем в научном сообществе благодаря пиратству на сайте Sci-Hub всех научных работ, находящихся в платном доступе. Хотя мало кто верит, что это долгосрочное решение проблемы, но Александру Элбакян уже называют Робин Гудом от науки.

Sci-Hub is illegal: when libraries become illegal, you know something went wrong #copyright

— Sci Hub (@Sci_Hub) 26 февраля 2016 г.

Многие активисты движения #ASAPbio ретвитили палеоантрополога Джона Хоукса из университета Висконсина. Он недавно посетил один из африканских университетов и обнаружил, что там недоступны научные исследования геномов африканских народов, потому что библиотека не может позволить себе оплатить подписку, а препринты отсутствуют.

Некоторые редакторы журналов считают, что препринты вредны для науки. Эмили Маркус, редактор Cell, на конференции #ASAPbio поделилась наблюдениями по результатам беседы редакторов с более сотней учёных. Выяснилось, что большинство авторов препринтов публикуются в интернете главным образом для того, чтобы опередить своих конкурентов. Она полагает, что такая мотивация негативно скажется на качестве научных работ, когда каждый автор спешит опубликовать свою статью раньше других. С ней согласны и другие. Кое-кто говорит, что размещение научных статей без предварительного рецензирования опасно.

Post-publication review of public-health research, what could possibly go wrong? #asapbio

— Andrew Miller (@EndoMetabPub) 17 февраля 2016 г.

Активисты ASAPbio отвечают, что учёные слишком заботятся о своей репутации, чтобы публиковать низкопробные статьи, а сам факт размещения на bioRxiv изначально указывает на то, что статья «ещё не принята или не одобрена научным и медицинским сообществом». Другие напоминают, что множество прошедших рецензирование работ в престижных журналах оказались ошибочными. Есть также мнение, что рецензирование после публикации в любом случае будет более строгим и справедливым.

В отличие от некоторых писателей или музыкантов, которые уходят в интернет, чтобы полностью избавиться от посредников, большинство биологов, наоборот, стремятся сохранить связи с традиционными журналами. Они многократно повторяют, что не желают разрушить нынешнюю систему, а только улучшить её. Если многие учёные выступят в поддержку препринтов, есть надежда, что журналы позволят двум системам совместно существовать.

«Это не выбор: пиво или креветки, — сказал Джеймс Фрейзер, доцент Калифорнийского университета в Сан-Франциско на февральской конференции. — Это пиво ВМЕСТЕ с креветками».

Впрочем, отдельные учёные, как декан Гарвардской медицинской школы Джеффри С. Флиер, напротив, называют разрушение академической прессы благим делом.

Will preprints disrupt bioscience publishing? Perhaps they should. Disruption is needed, for many reasons. #ASAPbio @NatureNews

— Jeffrey Flier (@jflier) 19 февраля 2016 г.

В любом случае, говорят некоторые исследователи, напряжение между журналами и сторонниками препринтов может скоро завершиться. Если университетские библиотеки откажутся от дорогих платных подписок, то журналы могут отменить разрешения на публикацию препринтов, заставляя учёных в сфере биомедицины сделать трудный выбор. Переход на препринты, говорят некоторые активисты #ASAPbio, может предвещать необходимость более значительного культурного сдвига, чем готово принять научное сообщество: придётся оценивать друг друга по содержанию научных работ, а не по тому, где именно они опубликованы. Но именно такой сдвиг необходим, считает Майкл Айзен из Калифорнийского университета в Беркли, давний адвокат реформы научного издательского бизнеса, чтобы «перевести эту область научного издательства в 20 век».

it’s pretty amazing that it took 20 years for «scientists should post their work on the Internet» to not be viewed as radical #ASAPbio

— Michⓐel Eisen (@mbeisen) 22 февраля 2016 г.